Con l'arrivo dei Franchi, avvenuto verso la fine dell'VIII secolo il territorio venne sottoposto al sistema feudale, con il paese che inizialmente venne assegnato, al pari di gran parte della valle, ai monaci del monastero di San Martino de Tours. Ed è a questo evento a cui si riferisce il primo documento scritto che attesta l'esistenza del paese: è il 17 agosto 774 quando, in un atto rogato redatto a Pavia, l'imperatore Carlo Magno dona ai suddetti religiosi il nucleo della rocca e le abitazioni da esso dipendenti. Il 30 luglio 1026 il paese venne infeudato al vescovo di Bergamo Ambrogio II della famiglia Martinengo,[12][13] grazie a permute di terreni, donazioni e investiture.
Con il passare degli anni al potere vescovile si affiancò quello di alcune famiglie della zona, che cominciarono ad entrare in contrapposizione tra loro. Fu così che, verso il termine dell'XI secolo, il vescovo Arnolfo obbligò alcuni componenti della nobile famiglia dei Martinengo a rinunciare ai propri possedimenti. Tuttavia tra la popolazione cresceva sempre più il desiderio di emanciparsi dal potere vescovile e feudale, al fine di poter decidere in autonomia la gestione del territorio, finché al termine del XII secolo furono concesse numerose autonomie che permisero la creazione del comune di Clusone, attestato ufficialmente per la prima volta in un documento del 1182.
L'istituzione comunale era retta dagli appartenenti alla classe dei proprietari terrieri e alla classe mercantile, che poterono gestire più o meno direttamente i beni comunali, affittando pascoli e facendo pagare dazi. Dopo aver redatto il primo statuto comunale verso la metà del XIII secolo, Clusone venne inserito nella circoscrizione denominata "Facta di san Lorenzo" con un territorio che includeva anche i piccoli centri di Rovetta, Villa, Ogna, Piario, Nasolino e Valzurio, come indicato negli statuti della città di Bergamo del XIV e XV secolo.