Nel tardo medioevo si verificarono importanti innovazioni tecnologiche, che diedero positivi risvolti anche in ambito economico. Sfruttando la vicinanza delle miniere e la ricchezza d'acqua di cui disponeva il territorio, lungo il corso del torrente Ogna (in quel tempo ricadente nel territorio clusonese) vennero introdotte alcune fucine che permisero la lavorazione di metalli, dai quali si ottenevano sia utensili e attrezzi, ma soprattutto chiodi[16]. Inoltre la forza motrice dell'acqua dello stesso torrente permise la creazione di alcune cartiere, la cui carta prodotta era ritenuta di buona qualità.
Anche l'agricoltura e la pastorizia fecero enormi passi, permettendo la produzione e la lavorazione di un tipo di tessuto utilizzato dagli eserciti, in quanto caldo e molto robusto, denominato panno grosso bergamasco.

Tuttavia in quegli anni cominciarono a verificarsi attriti tra gli abitanti, divisi tra guelfi e ghibellini, che raggiunsero livelli di recrudescenza inauditi. Le cronache del tempo raccontano di numerosi episodi tragici in tutta la provincia di Bergamo, che venne dilaniata da questa sanguinosa faida. Clusone si schierò apertamente con la fazione guelfa, tanto che alcuni suoi abitanti, unitamente a guelfi di altri paesi della val Seriana, sono citati dalle cronache in scorribande perpetrate nei confronti di altri borghi della zona appartenenti alla parte avversa. L'evento più cruento si svolse l'11 maggio 1379, quando esponenti della fazione ghibellina furono a lungo assediati nel castello di San Lorenzo presso Rovetta. Conseguentemente la rocca di origine romana si sviluppò notevolmente, tanto da assumere la fisionomia di un vero e proprio castello, con mura e torri a scopo difensivo. Tra la fine del XIV secolo e l'inizio del XV, contestualmente al passaggio della provincia di Bergamo ai Visconti, Clusone, fu scelta come sede della vicaria della valle Seriana superiore, organo che di fatto poteva essere considerato svincolato dall'influenza della città di Bergamo.
In quel periodo si trasferì a Clusone un ramo della nobile famiglia milanese Aliprandi, che assunse il cognome Fanzago (con un ramo della stessa nel XV secolo modificò in Cartolari)[14], che ebbe tra i propri esponenti scultori ed architetti che diedero lustro alla cittadina, quali Pietro e Cosimo, prendendo la propria residenza nell'omonimo palazzo.
Nel tardo medioevo si verificarono importanti innovazioni tecnologiche, che diedero positivi risvolti anche in ambito economico. Sfruttando la vicinanza delle miniere e la ricchezza d'acqua di cui disponeva il territorio, lungo il corso del torrente Ogna (in quel tempo ricadente nel territorio clusonese) vennero introdotte alcune fucine che permisero la lavorazione di metalli, dai quali si ottenevano sia utensili e attrezzi, ma soprattutto chiodi Inoltre la forza motrice dell'acqua dello stesso torrente permise la creazione di alcune cartiere, la cui carta prodotta era ritenuta di buona qualità.
Anche l'agricoltura e la pastorizia fecero enormi passi, permettendo la produzione e la lavorazione di un tipo di tessuto utilizzato dagli eserciti, in quanto caldo e molto robusto, denominato panno grosso bergamasco.