I lavori per la costruzione della cappella, che avrebbe offerto un luogo di preghiera agli abitanti del Borgo Castello, vennero avviati nel 1398 sotto ordine dei fratelli Michele e Giovanni de Rabatta, i quali decidono di dedicarla al Santo Spirito. Secondo alcuni, nel luogo di costruzione della chiesa preesisteva una cappella dedicata a San Acazio, mentre secondo altri era presente un capitello con un'immagine sacra. I lavori vennero ultimati il 22 gennaio 1414.

La chiesa, che venne restaurata nel 1889 a cura del Comune, non subì particolari danni nel corso dei bombardamenti della prima guerra mondiale, che invece lesionarono seriamente il vicino castello. Nel 1915-17 venne usata come deposito per munizioni; successivamente il tetto fu distrutto ed i muri bucati per essere usati come feritoie.

Nel 1931 la Regia Sovraintendenza alle Antichità e Belle Arti di Trieste provvede ai restauri della cappella.

Nell'intervallo tra le due guerre la chiesa non venne comunque officiata; il 10 giugno 1946 la nuova campana della chiesa (sostitutiva della precedente perché requisita nella seconda guerra mondiale) venne consacrata dall'Arcivescovo Carlo Margotti e la chiesa viene riaperta al culto.

La Cappella di Santo Spirito è una delle più antiche chiese di Gorizia. È situata sul colle del castello e con questo costituisce una delle immagini tradizionali della città.

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Una volta persa la fiducia, l’amicizia non ha più colore.”
– Publilio Siro

In gran parte distrutto durante la prima guerra mondiale fu completamente ricostruito e oggi si presenta come un vero e proprio museo del Medioevo goriziano, con le sale arredate, la collezione di armi e l’esposizione permanente Theatrum Instrumentorum, interamente dedicata agli strumenti musicali in uso in Europa tra basso medioevo e primo periodo barocco.

In seguito ad alterne vicende militari e familiari, nel 1500, alla morte dell’ultimo conte Leonardo, il feudo passò all’imperatore Massimiliano I, diventando di fatto parte dell’impero asburgico. Nonostante le nuove opere di fortificazione, il maniero fu preso e occupato per un breve periodo, tra il 1508 e il 1509, dalle milizie veneziane. Adibito a caserma e a carcere, nel XVII secolo perse gran parte dell’aspetto medievale, con la costruzione dei bastioni e delle torri polveriere a nord e nord – ovest. Agli inizi del Settecento fu eretto un nuovo bastione e alzato il lungo muraglione verso la Castagnevizza. Ulteriori opere difensive furono realizzate successivamente sotto la direzione del celebre ingegnere, astronomo e matematico Edmondo Halley, scopritore dell’omonima cometa.

In gran parte distrutto

Il Castello risale al secolo XI, ma fu ampliato successivamente dai conti di Gorizia, il cui dominio, arrivò a comprendere un territorio esteso dal Tirolo all’Istria.